匆匆趕來救援的三位城門守將，卻發(fā)現(xiàn)總督馬士英都已經(jīng)死掉了，他們跟朝廷作對肯定不會(huì)有什么好下場。
于是，幾人紛紛上前拜見史可法，表達(dá)了對皇上、對大明朝廷的忠心。
史可法滿意地點(diǎn)了點(diǎn)頭，然后命令全城戒嚴(yán)，進(jìn)行軍事管制，并開始搜捕馬士英叛賊余黨。
將總督府的戰(zhàn)場打掃干凈，戰(zhàn)后事宜安排妥當(dāng)后，史可法親自出城，去位于城北的鳳陽大營釋放刑部尚書張慎言。
看到史可法出現(xiàn)，已經(jīng)被看守士兵折磨得筋疲力盡的張慎言不甚唏噓，嘆道要不是史可法及時(shí)出現(xiàn)相救，恐怕他就要忍不住撞墻自盡了。
張慎言全身是傷，都是被馬士英派來的看守折磨的，但還好都是皮外傷，沒有內(nèi)傷，養(yǎng)一段時(shí)間就好了。
史可法對他寬慰了一番，道皇上會(huì)記得他的功勞的，請他安心養(yǎng)傷，回到南京繼續(xù)為皇上效忠。
然后，史可法再回到城內(nèi)，坐鎮(zhèn)鳳陽府處理軍務(wù)，安撫民心。
雖然戰(zhàn)斗只在總督府一隅之地發(fā)生，但城內(nèi)軍隊(duì)的調(diào)動(dòng)廝殺聲還是驚醒了無數(shù)睡夢中的鳳陽老百姓。大家整個(gè)后半夜都沒有睡踏實(shí)，生怕發(fā)生了什么叛亂，讓鳳陽府陷入戰(zhàn)亂，老百姓就沒什么好日子過了。
還好，史可法及時(shí)派人貼出的告示告知了大家，只是馬士英等一小撮人犯上作亂而已。叛亂已經(jīng)被兵部尚書史可法率領(lǐng)官兵平定了，讓大家不要驚慌，照常生活。
天亮后大家打開門，看到街上沒有任何混亂，加上史可法貼的告示，也讓大家放下了心，開始照常過日子。只是暗地里議論一下馬士英堂堂總督，怎么就成了叛賊，被朝廷給剿滅了呢。
六月二十四日早上，史可法親筆簽署的軍令向四面八方的傳了出去。史可法下命令讓鳳陽城外的各大軍營、轄下各縣衛(wèi)所的主要軍官必須于六月二十七日前趕到鳳陽城向他報(bào)道，并且不得帶一兵一卒。逾期不到者，視為馬士英叛賊余黨，予以剿滅。
三天過后，接到史可法軍令的鳳陽中都留守司轄下各大軍營、衛(wèi)所的軍官都趕到鳳陽府向兵部尚書史可法報(bào)道了。只有潁川衛(wèi)指揮使馬士嶺帶著親人家眷，在數(shù)十名親兵家將的保護(hù)下，連夜離開潁川，向北方逃跑，投靠大順去了。
因?yàn)?，馬士嶺是馬士英的族房堂弟。聽到堂兄馬士英被史可法當(dāng)叛國賊殺了，馬士嶺自然不敢自投羅網(wǎng)，跑來見史可法。
不僅不敢來見史可法，他反而當(dāng)機(jī)立斷，帶著親人家眷連夜逃跑了，生怕被史可法當(dāng)馬士英的同黨抓起來。
一個(gè)小小的衛(wèi)所指揮使逃跑，當(dāng)不得史可法去追捕，只是派了另外一個(gè)軍官前去接收了潁川衛(wèi)的指揮使職務(wù)，履行潁川衛(wèi)的防衛(wèi)工作。
馬士英叛黨集團(tuán)的覆滅，給江北其他三鎮(zhèn)總兵造成了極大的震懾。
江北四鎮(zhèn)總兵手中掌握的軍隊(duì)，加起來有近二十萬人，占到南京朝廷現(xiàn)有正規(guī)軍的一半，實(shí)力相當(dāng)雄厚。高杰、劉澤清、黃得功三人得到馬士英的傳信，邀他們結(jié)成聯(lián)盟，擁兵自重、共同進(jìn)退，三人也是有點(diǎn)蠢蠢欲動(dòng)的。
不料，接到馬士英的信還沒幾天，三人都還沒考慮好呢，馬士英就被是史可法殺掉，總兵劉良佐也被俘虜，即將押往南京判刑了。
這一下，高杰三人自然不敢再妄動(dòng)，紛紛上書朝廷，表達(dá)了他們對朝廷、對皇上的耿耿忠心。從今往后，三鎮(zhèn)總兵唯朝廷之命是從，朝廷讓他們干什么，他們就干什么，絕無二話。
這些表面文章，只能去哄小孩子，楊毅和史可法都是不信的。
高杰三人不過是因?yàn)榫謩莶幻骼剩局⌒闹?jǐn)慎的思想暫時(shí)向朝廷表示屈服而已。如果朝廷沒有當(dāng)機(jī)立斷，除掉馬士英，表現(xiàn)得軟弱可欺的話，這三人恐怕就要跟著造反了。
現(xiàn)在除掉最大的毒瘤馬士英，抓到違法亂紀(jì)、伙同叛亂的劉良佐，能讓其他三鎮(zhèn)總兵暫時(shí)屈服，也算達(dá)到了楊毅的目的了。
鳳陽只是因?yàn)橹卸嫉拿x，加上抵抗大順軍南下的原因，臨時(shí)設(shè)置了一個(gè)總督的官職。當(dāng)馬士英叛黨被剿滅后，總督的設(shè)置就可以取消了。
崇禎十七年六月二十九日，崇禎皇帝下達(dá)圣旨，任命在剿滅馬士英叛黨一役中立下大功的金運(yùn)虎為鳳陽總兵，總領(lǐng)鳳陽府軍務(wù)。其他參加平叛的官兵如饒勁銜等人，各有提拔賞賜。
七月初三，史可法將鳳陽府所有軍務(wù)交代給金運(yùn)虎后，押著劉良佐、黃道權(quán)等叛黨成員返回了南京。一同返回的，還有傷勢養(yǎng)得差不多的刑部尚書張慎言一行。
經(jīng)過刑部和大理寺幾天的審訊，劉良佐和黃道權(quán)等人最終承認(rèn)了違法亂紀(jì)、倒賣軍糧、跟隨馬士英謀圖叛變的事實(shí)。
崇禎十七年七月十四日，南京大理寺宣判劉良佐、黃道權(quán)等馬士英叛黨成員死刑，秋后問斬。
各叛黨罪犯的家人，三族以內(nèi)成年男性發(fā)配西南邊疆充軍；成年女性強(qiáng)制進(jìn)入工部、戶部的國營工廠作坊做工服役；未成年孩童，強(qiáng)制分配給九族以內(nèi)親屬撫養(yǎng)。
并且，三族以外、九族以內(nèi)的親屬，要在官府的監(jiān)督下生活、勞作，不許擅自離開家鄉(xiāng)。
這些，都是在楊毅的干涉下形成的判決。
如果按明朝當(dāng)時(shí)處理犯上作亂的叛黨反賊的例行做法，劉良佐等人三族以內(nèi)的親屬就要全部被斬首示眾，九族以內(nèi)親屬全部充軍服役，連孩童也不能幸免。
楊毅覺得這種處罰太過殘酷，就進(jìn)行了干涉，只追究了劉良佐等主犯的刑事責(zé)任，他們家屬的連帶責(zé)任被大大減輕。雖然還是比后世的刑罰嚴(yán)苛，但對明朝的人來說，楊毅此舉就已經(jīng)當(dāng)?shù)闷稹叭蚀染鳌钡脑u價(jià)了。
原來的崇禎帝朱由檢大權(quán)獨(dú)攬、獨(dú)斷專橫、性格暴虐，經(jīng)常撤換、斬殺大臣，給人一種“暴君”的感覺?，F(xiàn)在楊毅以崇禎帝的身份做出這樣的指示，連叛黨反賊也不大搞株連了，也算是給崇禎帝挽回了一些名譽(yù)。
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