月明星稀，被城市包裹的真新鎮(zhèn)出奇的熱鬧，每個孩子都期望著自己明天可以拿到心儀的神奇寶貝，然后參加比賽，和自己的伙伴一起并肩戰(zhàn)斗，成為神奇寶貝大師，登上殿堂！
就在這時，一到微弱的光芒，從天際而來，迅速來到一座古樸的房子，鉆了進去，進入了正在睡覺的小男孩身體當中。
房間的地上散落著卡比獸的娃娃和鞋子，房間里擺放著神奇寶貝的各種飾品，蚊香蝌蚪的轉筆刀，皮皮樣式的存錢罐、超音蝠風鈴，小火龍、妙蛙種子和杰尼龜?shù)暮髵煸趬ι希梢娺@家的主人是多么喜愛神奇寶貝。
“叮鈴鈴”“叮鈴鈴”，一陣悅耳的鈴聲滴滴答答的從雷電球鬧鐘傳了出來來，睡夢中的小智正沉浸在選擇神奇寶貝的對戰(zhàn)中，模糊之間摸到了一個“精靈球”，“就決定是你了，去吧！杰尼龜！”，只看見小智把雷電球鬧鐘丟了出去，鬧鐘被扔到了房間的墻角，摔得粉碎，當然睡夢中的小智還不知道這些。
太陽還沒升起，可是空氣中卻早已彌漫著破曉時的寒氣，路邊的草叢也以掩蓋上灰色的露珠，早起的嘟嘟站在房頂上高囀著歌喉，仿佛實在叫醒著這個小鎮(zhèn)的人類。
刺眼的光芒射進了小智的房間內，照射在了小智的臉上，在睡夢中的小智也漸漸地睜開了迷糊的雙眼，刺眼的陽光迫使小智從睡夢中醒來，清醒來的小智看了眼窗外，天已經完全亮了，意識到大事不好的小智，來不及穿衣服，穿著睡衣登登的下了樓梯。
“小智，吃過早飯再去吧！”，剛下樓梯的小智聽到了媽媽花子的聲音，但此刻心急如焚的小智哪還有時間去早飯，回了一聲就趕忙的跑出了家門，花子在小智走后來到小智的房間，替小智收拾好旅行的行李“真像你??！”，花子用細微的聲音感嘆道。
此刻的小智正狂奔著趕往大木博士的研究所，還慶幸著能夠得到自己喜歡的神奇寶貝。
......氣喘吁吁的小智來到大木研究所，看到一個綠色頭發(fā)，身高和小智差不多的人，此人正是小智心中的勁敵小茂—大木博士的孫子，看到小茂拿著神奇寶貝球，正準備出發(fā)的小茂走過來，高傲的嘲諷了小智，便在眾多小姐姐的擁護之下開著跑車開始了旅行。
身后漸漸有腳步聲傳來，小智隨意的回頭看，滿頭白發(fā)，穿著白色的工作服，身上還有淡淡的煮方便面的味道，這人小智再也熟悉不過，正是神奇寶貝研究界的權威大木博士！
“哎？這不是小智嗎？”“大木博士，快給我神奇寶貝啦，我也要去旅行”，“神奇寶貝？可是我只準備了三只啊”，小智好像沒有聽到最后一句話，便拉著大木博士大木研究所去拿到自己的神奇寶貝。
來到研究所，小智迫不及待的打開放在臺子上面的精靈球，打開精靈球，小智發(fā)現(xiàn)里面什么都沒有，沒有沮喪的小智又打開剩下的精靈球，同樣發(fā)現(xiàn)都沒有自己所期待的出現(xiàn)，沮喪的小智如同霜打的茄子一樣萎靡，“早知道昨天晚上劉不應該看到很晚的精靈大賽?！?p> “神奇寶貝，還剩下一個，不過這個孩子可不怎么聽話”，話音剛落，之間大木博士從身后拿出一個紅白相間的精靈球神秘的一笑，將精靈球交給了小智，小智也沒做他想，接過精靈球后直接打開，“噼里啪啦”，橘黃色的電光在研究所肆虐，在電光中可以看到一只矮胖矮胖、全身都是黃色的神奇寶貝，看上起非常可愛，不過此刻它的表情可不是這么友善。
“這是電氣鼠神奇寶貝——皮卡丘！”大木博士在旁邊為小智介紹這只神奇寶貝的數(shù)據(jù)，但是沉浸在獲得第一只神奇寶貝的小智全然沒有聽到大木博士的話，看著矮萌矮萌的皮卡丘，小智忍不住伸出了想要摸皮卡丘的手，一旁的大木博士還在講，看到了小智想要伸出的手大驚失色
“住..”，“啊啊”，“手”字還沒說出口，小智已經摸到了皮卡丘，被摸的瞬間皮卡丘臉上的黃色的電力袋突然放電，小智與大木博士當然不可避免的被迫做了個電療。
“這只神奇寶貝的脾氣有些暴躁，你要得到它的認可，才可以指揮”，差點被電成焦炭的大木博士仍不忘給小智做講解，“大木博士你怎么不早一點說??！”
同樣燙了個爆炸頭的小智在抱怨著大木博士，我說你也得聽啊，大木博士將工作臺上的神奇寶貝圖鑒交給了小智，并給小智介紹了圖鑒的用法與功能，心里無奈的大木博士送著抱著皮卡丘的小智出了研究所。
早已在研究所等待抱著綠色旅行包的花子和諸多鄰居，看到大木博士和小智的出現(xiàn)，花子仿佛早就知道了小智第一只神寶貝是皮卡丘似的，對著小智說了幾句關心的話，有摸了摸皮卡丘，小智還來不及阻止，在皮卡丘的愛之下，眾人都不出意料的做了個電療。
接過背包的小智在研究所換旅行的衣服，戴上那只全球限量款的帽子準備旅行，準備讓皮卡丘進入精靈球，但是皮卡丘直接一尾巴把精良球給打飛了，“看來這只皮卡丘對精靈球有著抗拒”，站在一旁的大木博士若有所思的說道。
面對這種情況，大木博士也沒有什么好辦法，只有等精靈正式認可訓練家才可以指揮，萬般無奈之下，無奈的小智用繩子將皮卡丘與自己用繩子綁在了一起，開始了旅行！......真新鎮(zhèn)外，隨處可見的神奇寶貝在這生活，在天上飛的波波，水邊的鯉魚王等，還有許許多多的神奇寶貝，道路上的小智正吃力的拉著皮卡丘，看著皮卡丘不情愿的樣子，小智都哭了，出來的半天還沒有收服到其它的神奇寶貝，都是因為這只皮卡丘不愿意聽自己的指揮。
準備停下休息的小智看到對面的草叢有一個模糊的鳥類身影，內心興奮地小智將大木博士給的精靈圖鑒拿了出來，對準那只鳥類的神奇寶貝“波波，空中的寶可夢是飛行的寶可夢中個性最溫和，最容易捕捉的。是寶可夢訓練家初學者小試身手的最好目標?！?p> “最適合初學者的寶可夢啊！”，看到圖鑒介紹的小智準備去捕捉波波，但是皮卡丘又不聽話，沒辦法的小智只有自己親自上場，小智看了看四周，沒發(fā)現(xiàn)其它的寶可夢，匍匐前進，就在小智快要離波波不遠時。
正在捉東西吃的波波眼神一咧，看到了小智，隨機雙腳抓地使出了飛沙腳，無數(shù)的傻砂子撲向了小智，正在匍匐在地的小智被砂子埋了個正著，一旁觀戰(zhàn)的皮卡丘“皮卡皮卡”的笑著小智。
起身的小智，拍掉身上的砂子，看向走遠的波波，又扭頭看向正在嘲笑自己的皮卡丘，“我一定會抓住它的?！?p> 小智有重新開始捕捉波波但都是以失敗和告終，而且小智的食物也被小拉達給偷走了不少，皮卡丘看到小智狼狽的樣子捂著肚子在樹上“皮卡皮卡”的笑著。
小智又看到模糊的“波波”的身影，生氣的小智抓起地上的石子，往那個方向扔了過去，“碰”砸了個正著，類似波波的鳥類寶可夢頭頂上鼓了個大包正盯著小智，小智發(fā)現(xiàn)這不是剛才的那只，又拿出圖鑒“烈雀，小鳥寶可夢烈雀很易怒，但凡有人侵犯它的領地，它就會貌不猶豫的攻擊，在它感覺到敵人來了的時候，它會發(fā)出非常尖銳的叫聲。”
感到不妙的小智還沒反應過來，變看到烈雀向自己沖了過來，小智連忙往大樹方向跑，撲倒在地，躲了過去，起身的小智拿起自己的背包與烈雀開始了爭斗，幾個回合下來烈雀并不能奈何小智，于是便把目標轉向了樹上的皮卡丘，“唧！唧！”。
尖叫著沖向了皮卡丘，皮卡丘小心的躲了過去，卻一不小心的踩空了樹枝，兩只小爪子緊緊抓住樹干，一旁的小智也是著急，向烈雀叫喊著攻擊自己，眼看下一次攻擊就要到了，皮卡丘情急之下使用了十萬伏特。
被擊中的烈雀發(fā)出了一聲慘叫，滿身焦黑的烈雀憤恨的看向小智與皮卡丘，往森林身處大叫了一聲，頃刻間無數(shù)黑影鋪面而來，當它們飛進的時候皮卡丘和小智發(fā)現(xiàn)這些黑影全都是烈雀！
小智和皮卡丘相互對視一眼，隨后開始了逃跑，烈雀群在后面緊追不舍，小智與皮卡丘馬不停蹄的向前跑，路邊的寶可夢見狀紛紛都跑的遠遠地。
小智回頭一看只見到烈雀群的速度加快了許多，小智與皮卡丘就快要落入到烈雀的包圍圈中，“皮卡丘，加油啊!我會救你的”，皮卡丘絲毫不理會，四只小短腿的速度又加快了許多。
“碰”的一聲，烈雀群展開了攻擊，鋒利的鳥喙與翅膀撞擊在小智的肩膀上，小智腳下一個踉蹌差點摔倒，更多的烈雀朝著皮卡丘攻擊，不一會皮卡丘的身上就布滿了痕，“住手?。×胰?！”看到皮卡丘被烈雀群圍攻，小智忍不住的沖了過去，將圍皮卡丘最近的幾只烈雀撥開，抱住皮卡丘傷痕累累的身體拔腿就跑。
跑到了一處懸崖邊上，小智心一橫，把帽子一歪，抱著皮卡丘的雙手更緊了，小智跳了下去......