胡亥派趙高審訊李斯父子謀反的案件，趙高天天嚴(yán)刑逼供，直打得李斯皮開(kāi)肉綻，體無(wú)完膚；李斯實(shí)在受不住，只得招了假供。他之所以不自殺，是因?yàn)樽运加行坜q之才，又是秦王朝的有功之臣；而且，自己也的確沒(méi)有謀反，說(shuō)不定通過(guò)上書(shū)胡亥就會(huì)赦免他?？墒抢钏共恢?，進(jìn)諫之路已完全為趙高一黨把持，申訴書(shū)全落入了趙高手中。趙高將書(shū)撕個(gè)粉碎：“囚犯還有資格上書(shū)！”為了堵住李斯嘴。他派自己的親信扮成御史（監(jiān)察官）、謁者（官名，為國(guó)君掌管傳達(dá)）、侍中（官名，秦時(shí)設(shè)五人，往來(lái)殿內(nèi)、東廂奏事），輪番提審。若李斯以實(shí)情相對(duì)，則施行拷打，直到李斯堅(jiān)持假供不再改口為止。后來(lái)胡亥真的派人來(lái)審訊他，李斯以為還是和以前一樣，就仍以假口供對(duì)之。胡亥看到口供后，以為李斯真想謀反，對(duì)趙高感恩戴德：“如果不是愛(ài)卿，朕幾乎被丞相出賣(mài)了!”等到調(diào)查“李由通盜”的使者到三川時(shí)，李由已為項(xiàng)梁帶領(lǐng)的起義軍所殺。趙高見(jiàn)死無(wú)對(duì)證，便又欺騙胡亥說(shuō)已將其就地正法。
趙高查辦李斯，李斯被捕后并套上刑具，關(guān)在監(jiān)獄中，仰天長(zhǎng)嘆道：“唉呀！可悲??！無(wú)道的昏君，怎么能為他出謀劃策呢！從前夏桀殺死關(guān)龍逢，商紂殺死王子比干，吳王夫差殺死伍子胥。這三個(gè)大臣，難道不忠嗎！然而免不了一死，他們雖然盡忠而死，只可惜忠非其人。現(xiàn)在我的智慧趕不上這三個(gè)人，而二世的暴虐無(wú)道超過(guò)了桀、紂、夫差，我因盡忠而死，也是應(yīng)該的呀。況且二世治國(guó)不是胡搞么！不久前殺死了自己的兄弟而自立為皇帝，又殺害忠良，重用低賤的人，修建阿房宮，對(duì)天下百姓橫征暴斂。并不是我不勸諫，而是他不聽(tīng)我的呀。凡是古代圣明的帝王飲食都有一定的節(jié)制，車(chē)馬器物有一定的數(shù)量，宮殿都有一定的限度，頒布命令和辦事情，增加費(fèi)用而不利于百姓的一律禁止，所以才能長(zhǎng)治久安。現(xiàn)在二世對(duì)自己的兄弟，施以違反常情常理的殘暴手段，不考慮會(huì)有什么災(zāi)禍，迫害、殺戮忠臣，也不考慮會(huì)有什么災(zāi)殃；大力修筑宮殿，加重對(duì)天下百姓的稅收，不吝惜錢(qián)財(cái)：這三件措施實(shí)行之后，天下百姓不服從?，F(xiàn)在造反的人已占天下人的一半了，但二世心中還未覺(jué)悟，居然任用趙高為輔佐，我一定會(huì)看到盜賊攻進(jìn)咸陽(yáng)，使朝廷變?yōu)轺缏规矣蔚牡胤??！?p> 胡亥又下令趙高審理丞相一案，對(duì)他加以懲處，查問(wèn)李斯和兒子李由謀反的情狀，將其賓客和家族全部逮捕。趙高懲治李斯，鞭打他一千多下，李斯不能忍受痛苦的折磨，冤屈地招供了。李斯之所以不自殺而死，是他自負(fù)能言善辯，又對(duì)秦國(guó)有大功，確實(shí)沒(méi)有反叛之心，希望能夠上書(shū)為自己辯護(hù)，希望二世能覺(jué)悟過(guò)來(lái)并赦免他。李斯于是在監(jiān)獄中上書(shū)說(shuō)：“我擔(dān)任丞相治理百姓，已經(jīng)三十多年了。我來(lái)秦國(guó)趕上領(lǐng)土還很狹小。先王的時(shí)候，秦國(guó)的土地不過(guò)千里，士兵不過(guò)幾十萬(wàn)。我用盡了自己微薄的才能，小心謹(jǐn)慎地執(zhí)行法令，暗中派遣謀臣，資助他們金銀珠寶，讓他們到各國(guó)游說(shuō)，暗中準(zhǔn)備武裝，整頓政治和教化，任用英勇善戰(zhàn)的人為官，提高功臣的社會(huì)地位，給他們很高的爵位和俸祿，所以終于威脅韓國(guó)，削弱魏國(guó)，擊敗了燕國(guó)，趙國(guó)，削平了齊國(guó)、楚國(guó)，最后兼并六國(guó)，俘獲了他們的國(guó)王，擁立秦王為天子。這是我的第一條罪狀。秦國(guó)的疆域并不是不廣闊，還要在北方驅(qū)逐胡人，貉人，在南方平定百越，以顯示秦國(guó)的強(qiáng)大。這是我的第二條罪狀。尊重大臣，提高他們的爵位，用以鞏固他們同秦王的親密關(guān)系。這是我的第三條罪狀。建立社稷，修建宗廟，以顯示主上的賢明。這是我的第四條罪狀。更改尺度衡器上所刻的標(biāo)志，統(tǒng)一度量衡和文字，頒布天下，以樹(shù)立秦朝的威名。這是我的第五條罪狀。修筑馳道，興建游觀(guān)之所，以顯示主上志滿(mǎn)意得。這是我的第六條罪狀。減輕刑罰，減少稅收，以滿(mǎn)足主上贏得民眾的心愿，使萬(wàn)民百姓都擁戴皇帝，至死都不忘記皇帝的恩德。這是我的第七條罪狀。像我李斯這樣作臣子的，所犯罪狀足以處死，本來(lái)已經(jīng)很久了，皇帝希望我竭盡所能，才得以活到今天，希望陛下明察?！弊鄷?shū)呈上之后，趙高讓獄吏丟在一邊而不上報(bào)，說(shuō)：“囚犯怎能上書(shū)！”
趙高派他的門(mén)客十多人假扮成御史、謁者、侍中，輪流往復(fù)審問(wèn)李斯。李斯改為以實(shí)對(duì)答時(shí)，趙高就讓人再拷打他。后來(lái)胡亥派人去驗(yàn)證李斯的口供，李斯以為還和以前一樣，終不敢再改口供，在供詞上承認(rèn)了自己的罪狀。趙高把判決書(shū)呈給胡亥，胡亥很高興地說(shuō)：“沒(méi)有卿家，我?guī)缀醣回┫喑鲑u(mài)了?！钡群ヅ傻氖拐叩竭_(dá)三川調(diào)查李由時(shí)，項(xiàng)粱已經(jīng)將他殺死。使者返回時(shí)，正當(dāng)李斯已被交付獄吏看押，趙高就編造了一整套李由謀反的罪狀。
最后，李斯在公元前208年，即胡亥即位的第二年，被處以極刑：先是黥面（即在臉上刺字，是秦朝的一種侮辱刑），然后劓（即割鼻子，也是秦的一種酷刑），砍斷左右趾（即砍掉左右腳），又腰斬（攔腰斬?cái)啵?，最后是醢（即剁成肉醬），這在當(dāng)時(shí)是最為殘忍的一種處死方式，叫做“具五刑”，即用五種刑罰處死。李斯的一家也同時(shí)被殺。
注：李斯的歷史貢獻(xiàn)小結(jié)：
1，廢分封
把全國(guó)分為三十六郡，郡以下為縣?？たh制比之分封制是一個(gè)進(jìn)步，有利于國(guó)家的統(tǒng)一。這一整套中央集權(quán)制度，從根本上鏟除了諸侯王國(guó)分裂割據(jù)的禍根，對(duì)鞏固國(guó)家統(tǒng)一，促進(jìn)社會(huì)發(fā)展起了積極作用。所以，這一制度在秦以后的帝制社會(huì)里一直沿用了近兩千年。
2，統(tǒng)一文字
公元前221年，秦始皇接受丞相李斯“書(shū)同文字”的建議，命令這個(gè)禁用各諸侯國(guó)留下的古文字，一律以秦篆為統(tǒng)一書(shū)體。統(tǒng)一后的中國(guó)急需一種統(tǒng)一的官方文字。李斯便奉秦始皇之命制作這種標(biāo)準(zhǔn)字樣，這便是小篆。
緊接著，為了推廣統(tǒng)一的文字，李斯親作《倉(cāng)頡篇》七章，每四字為句，作為學(xué)習(xí)課本，供人臨摹。不久，李斯又采用秦代一個(gè)叫程邈的小官吏創(chuàng)造的一種書(shū)體，打破了篆書(shū)曲屈回環(huán)的形體結(jié)構(gòu)，形成新的書(shū)體—隸書(shū)。中國(guó)書(shū)法四大書(shū)體真、草、隸、篆，隸、篆占其半壁江山，這全是李斯的功勞。
3，統(tǒng)一度量衡
秦朝建立后，為了不使其影響王朝的經(jīng)濟(jì)交流和發(fā)展，李斯上奏皇帝，建議廢除六國(guó)舊制，把度量衡從混亂不清的狀況下明確統(tǒng)一起來(lái)，得到了秦始皇的允許。李斯又從制度上和法律上采取措施，以保證度量衡的精確實(shí)施。
4，統(tǒng)一貨幣
廢除原來(lái)秦以外通行的六國(guó)貨幣，在中國(guó)范圍內(nèi)統(tǒng)一貨幣。此舉雖然對(duì)秦王朝的經(jīng)濟(jì)發(fā)展已無(wú)大用，但對(duì)后世的影響大。同時(shí)，規(guī)定貨幣的鑄造權(quán)歸國(guó)家所有，私人不得鑄幣，違者定罪等。
5，修馳道車(chē)同軌
為了政令暢通，物資交流便利，李斯又立刻建議讓全國(guó)的車(chē)軌統(tǒng)一，并在全國(guó)范圍內(nèi)修筑馳道。就這樣，一場(chǎng)大規(guī)模的統(tǒng)一車(chē)軌、修筑馳道的運(yùn)動(dòng)在全國(guó)展開(kāi)。