次年2月7日，威海衛(wèi)日艦及炮臺(tái)夾攻劉公島，北洋水師全軍覆沒(méi)。中國(guó)海陸兩個(gè)戰(zhàn)場(chǎng)均遭失敗，以慈禧為首的主和派下定決心向日本求和。3月，慈禧派李鴻章為全權(quán)大臣，赴日乞和。4月17日簽訂了中國(guó)歷史上空前屈辱的條約《馬關(guān)條約》，中國(guó)放棄對(duì)朝鮮宗主國(guó)地位，賠款2億兩白銀，割讓遼東半島（在俄，德，法等西方列強(qiáng)干涉下，后以白銀3000萬(wàn)兩贖回）、臺(tái)灣、澎湖列島，開(kāi)放4個(gè)通商口岸，允許日本在通商口岸開(kāi)礦設(shè)廠。
甲午戰(zhàn)爭(zhēng)失敗后，列強(qiáng)掀起瓜分中國(guó)狂潮。為了救亡圖存，資產(chǎn)階級(jí)改良派發(fā)起維新變法（史稱戊戌變法），對(duì)于變法，慈禧希望強(qiáng)國(guó)但又擔(dān)心光緒會(huì)借變法脫離她的控制，最初表示支持，但她隨后把軍權(quán)，用人權(quán)都抓在自己手中。
1898年6月光緒發(fā)布帝“明定國(guó)是上諭”（即《明定國(guó)是詔》），實(shí)行變法。光緒帝的變法觸動(dòng)了滿洲舊勢(shì)力貴族和眾多封建官僚的利益，他們聚集起來(lái)，竭力反對(duì)變法。當(dāng)聽(tīng)說(shuō)光緒帝企圖讓袁世凱派兵圍園殺后，殺死榮祿時(shí)，慈禧等人發(fā)動(dòng)戊戌政變，拘禁光緒皇帝，并處死了譚嗣同等六人。
戊戌政變后，中國(guó)北方興起義和團(tuán)運(yùn)動(dòng)，慈禧最初主剿，但鎮(zhèn)壓屢屢失敗，義和團(tuán)迅猛發(fā)展并進(jìn)入北京。慈禧希望剿撫并用，區(qū)別對(duì)待義和團(tuán)，但列強(qiáng)要求清政府完全剿滅義和團(tuán)，并且不顧清政府的反對(duì)，堅(jiān)持調(diào)兵進(jìn)京。慈禧素來(lái)對(duì)洋人不滿，于是產(chǎn)生了利用義和團(tuán)對(duì)抗列強(qiáng)的想法，對(duì)列強(qiáng)宣戰(zhàn)（并未下宣戰(zhàn)詔書(shū)）。慈禧的決定，遭到了劉坤一、張之洞等地方督撫的反對(duì)，他們聯(lián)名電奏清廷，力主剿滅義和團(tuán)，并與列強(qiáng)訂立條約，實(shí)行“東南互保”。慈禧一方面要求各省將軍督撫認(rèn)真布置戰(zhàn)守事宜，繼續(xù)利用義和團(tuán)圍攻使館、抗擊八國(guó)聯(lián)軍；另一方面，她令榮祿前往使館慰問(wèn)各國(guó)使臣，又分別致國(guó)書(shū)于俄、英、日、德、美、法等國(guó)元首，請(qǐng)他們出面“排難解紛”、“挽回時(shí)局”，并將兩廣總督李鴻章調(diào)任直隸總督兼北洋大臣，準(zhǔn)備與列強(qiáng)談判。但是，八國(guó)聯(lián)軍并沒(méi)有停止進(jìn)攻。
1900年8月14日，八國(guó)聯(lián)軍攻入北京；次日凌晨，攻紫禁城東華門(mén)，慈禧帶著光緒帝、皇后等人逃往西安，令奕劻、李鴻章為全權(quán)大臣，與列強(qiáng)進(jìn)行談判，把戰(zhàn)爭(zhēng)的責(zé)任推到義和團(tuán)身上，下令對(duì)義和團(tuán)“痛加剿除”。1901年2月14日批準(zhǔn)《議和大綱》，并發(fā)布上諭，表示要“量中華之物力，結(jié)與國(guó)之歡心?！蓖?月7日與11個(gè)帝國(guó)主義國(guó)家簽訂了《辛丑條約》，規(guī)定按照當(dāng)時(shí)中國(guó)人口的數(shù)量賠款4.5億兩白銀，39年內(nèi)賠款9.8億兩白銀，懲辦主戰(zhàn)官員，拆除大沽到北京沿線所有炮臺(tái)等。同年10月6日，慈禧發(fā)卒數(shù)萬(wàn)人，帶行李車3000輛，從西安出發(fā)，出潼關(guān)經(jīng)河南、直隸，歷時(shí)三月于1902年1月8日回到北京。
為了維持統(tǒng)治，改變自身守舊無(wú)能形象，慈禧太后在“西狩”期間宣布實(shí)行“新政”，進(jìn)行經(jīng)濟(jì)，軍事，教育，官制等方面的改革。
1904年，爆發(fā)了日俄戰(zhàn)爭(zhēng)，戰(zhàn)場(chǎng)正是在中國(guó)東北，以慈禧為首的清政府宣布中立，戰(zhàn)爭(zhēng)的結(jié)果是日本戰(zhàn)勝了沙俄。國(guó)內(nèi)人們普遍意識(shí)到君主立憲優(yōu)于君主專制，要求清政府進(jìn)行憲政改革；與此同時(shí)，國(guó)內(nèi)革命運(yùn)動(dòng)也愈發(fā)高漲。為了維持統(tǒng)治，慈禧作出要立憲的姿態(tài)。1905年派五大臣出洋考察，1906年又宣布預(yù)備立憲，1908年頒布《欽定憲法大綱》，內(nèi)容仿照德國(guó)和日本的憲法，維護(hù)皇帝“君上大權(quán)”。
1908年，由于慈禧通過(guò)照片外交，美國(guó)總統(tǒng)西奧多·羅斯福簽署法案，退還庚子賠款一千多萬(wàn)美元，主要用于支持中國(guó)官派留美學(xué)生；之后，英、法、比利時(shí)、意大利、荷蘭等國(guó)相繼；七國(guó)退還中國(guó)之庚款“溢款”總數(shù)，約在海關(guān)銀三億兩左右，對(duì)興辦教育事業(yè)頗有效果，應(yīng)當(dāng)肯定。
1908年11月14日，光緒帝駕崩，大行皇帝無(wú)嗣，經(jīng)她命，由醇親王載灃為攝政王，其子溥儀為帝，年號(hào)宣統(tǒng)，慈禧被尊為太皇太后。
1908年11月15日17點(diǎn)（未正三刻），葉赫那拉氏于中南海儀鸞殿病逝，享年七十四歲。慈禧臨終遺言說(shuō)：“此后，女人不可預(yù)聞國(guó)政。此與本朝家法相違，必須嚴(yán)加限制。尤須嚴(yán)防，不得令太監(jiān)擅權(quán)。明末之事，可為殷鑒！”